L’area era già abitata ai tempi dei Romani, grazie alla vicinanza con la Via Postumia, importante via consolare costruita nel 148 a.C. Le prime testimonianze documentate di San Giovanni risalgono al 996, quando l’imperatore Ottone III menzionò la “corte di San Giovanni con tutte le sue pertinenze” in un atto di concessione imperiale.

​

Nel Medioevo, il borgo assunse un ruolo di rilievo come centro ecclesiastico e territoriale, gravitante attorno alla pieve dedicata a San Giovanni Battista. Già in una bolla papale del 1186 si citano la “villa di Versutta fino a Casarsa” e la “corte di San Giovanni”, segno della sua importanza religiosa e amministrativa. In quest’epoca si sviluppò anche un piccolo nucleo fortificato, forse sorto su precedenti insediamenti rurali, che testimonia la continuità abitativa della zona.

​

Nel corso dei secoli, San Giovanni mantenne un ruolo centrale per la comunità circostante, fungendo da riferimento religioso e sociale per le campagne del medio Tagliamento. La sua chiesa, ricostruita più volte nel tempo, conservava originariamente elementi medievali e fu riedificata in stile neogotico tra il 1896 e il 1904. Accanto a essa sorsero altri edifici di pregio, come la Loggia Comunale del XIV secolo e la chiesetta di San Floriano, decorata con affreschi cinquecenteschi.

​

Tra Ottocento e Novecento il paese visse una fase di intensa attività agricola e cooperativa: nacquero casse rurali, forni sociali, latterie e cooperative di consumo che contribuirono a migliorare le condizioni economiche e sociali della popolazione. Questo spirito di collaborazione e solidarietà divenne una delle caratteristiche distintive della comunità di San Giovanni di Casarsa, che nel 1847 cessò di essere comune autonomo per confluire nel territorio di Casarsa della Delizia, mantenendo però un forte senso di identità e radicamento storico.